2014 yılında İznik Gölü kıyısında, bir helikopter gezisi sırasında tesadüfen keşfedilen bazilika, dünyanın en önemli 10 arkeolojik keşfinden biri olarak kabul edilmektedir. Göl kıyısından yaklaşık 20 metre açıkta bulunan bu yapının, Aziz Neophytos adına inşa edilmiş bir bazilika olduğu anlaşılmıştır. Yapı, Roma İmparatorluğu topraklarında yaygın olarak görülen erken Hıristiyanlık dönemine ait bazilikalar arasında yer almaktadır.

Bu nokta, bir zamanlar efsane olarak anlatılan ancak balıkçılar ve bölge sakinleri tarafından bilinen bir yerdi. Hatta gölde yüzenler dinlenmek için kalıntıların üzerinde dururlardı. Yapı, 1600 yıl boyunca sular altında kalmasına rağmen mimari dokusunu korumayı başarmıştır. İklim değişikliği ve su seviyelerinin azalmasıyla birlikte, bazilika göl manzarasıyla bütünleşmiş bir görünüme kavuşmuştur.

740 yılında meydana gelen bir depremde büyük hasar gören yapı, su seviyesinin yükselmesi sonucu sular altında kalmıştır. 1999 Gölcük depremi gibi tarihte birçok büyük depremle karşı karşıya kalan bu bölge, coğrafi çizgilerin değişmesine neden olacak kadar sarsıcı depremler geçirmiştir. Yapılan kazılarda bulunan sikkeler, bazilikanın Roma İmparatorları Valens ve II. Valentinianus dönemlerine ait olduğunu, dolayısıyla 4. yüzyılda inşa edildiğini kanıtlamaktadır.

Roma İmparatorları Decius ve Diokletianus’un Hristiyanlara zulmettiği dönemde Nikaia (günümüzde İznik) da bu zulümden etkilenmiştir. Hristiyanlık, o dönemlerde yasaklanmış bir inanç olarak kabul ediliyor ve ilk Hristiyanlar çeşitli işkencelere maruz bırakılıyordu. İnancından vazgeçmeyenler ise şehit ediliyordu. Bu şehitlerden biri de Aziz Neophytos’tur.

Aziz Neophytos, Hristiyan bir ailenin çocuğu olarak Bithynia Olympos’unda (günümüzde Uludağ) doğmuş ve küçük yaşlardan itibaren kutsal bir kişilik olduğunu çeşitli mucizelerle göstermiştir. Henüz 9 yaşındayken bir güvercini takip ederek bir mağaraya gitmiş ve burada vahşi bir hayvanı kovarak 16 yaşına kadar o mağarada yaşamıştır. Rüyasında Tanrı’nın buyruğuyla Nikaia’ya gelerek Hristiyanlık inancını yaymaya başlamıştır.

Bu nedenle Roma yetkilileri tarafından yakalanarak çeşitli işkencelere maruz kalmıştır. Ağaçlara asılıp kırbaçlanan, demir çengellerle vücudu kazınan ve vahşi hayvanların arasına bırakılan Neophytos, her seferinde mucizevi bir şekilde sağ kalmıştır. Sonunda 3 gün 3 gece boyunca kızgın bir fırında tutulmuş, fakat yine de zarar görmemiştir. Nihayetinde göl kenarındaki surların dışında, imparatorluk askerleri tarafından mızrak ve kılıç darbeleriyle şehit edilmiştir.

Neophytos’un mezarının bulunduğu yerde daha sonra bir kilise inşa edilmiştir. Aziz Neophytos, konumu dolayısıyla şehri gölden gelebilecek tehlikelere karşı koruyan bir aziz olarak kabul edilmiştir. 325 yılında düzenlenen 1. Ökümenik Konsil’den sonra İznik, Batı’dan Kutsal Topraklara giden hacıların uğrak yeri haline gelmiştir.

Bazilika ve çevresinde yapılan kazılarda bulunan mezarlardan birinin kapağının açık olduğu belirlenmiştir. 740 yılındaki büyük depremle yapının su altında kalmasının ardından, Neophytos’un naaşı buradan çıkarılarak İznik’teki Koimesis Kilisesi’ne taşınmıştır. Ancak bu kilisenin yeri uzun süre bilinmemiştir. Yapılan araştırmalar sonucunda, açık mezarın varlığı, naaşın bu depremden sonra taşındığı bilgisini doğrulamıştır.

Dalgıç arkeologlar, antropologlar ve sanat tarihçileri tarafından incelenen bazilikanın doğu yönünde, kiliseden bağımsız bir duvara sahip olduğu ve bu kalıntının MÖ 3. yüzyıla ait olduğu belirlenmiştir. Bu durum, bazilikanın yapısından daha eski bir yerleşimin kalıntıları olabileceğini düşündürmektedir. Ayrıca bazilika içerisinde bulunan oda mezarların Türkiye’de başka bir örneği bulunmamaktadır.

İznik gibi sürekli yeni keşiflere açık bir bölgede, farklı ihtimalleri göz önünde bulundurmak gerekmektedir. Kaynaklarda bahsedildiği halde yeri tam olarak belirlenemeyen diğer önemli yapılardan biri de I. Konstantin dönemine ait olan ve 1. Ökümenik Konsil’in düzenlendiği bazilika ve saray kompleksidir.