Yakup Çelebi Sokağı üzerinde, Koimesis Kilisesi’nin yaklaşık 50 metre doğusunda yer alan Böcek Ayazma, sokağa göre birkaç metre çukurda kalmaktadır. Etrafı duvar ve demir parmaklıklar ile çevrilidir. Yapım tarihi kesin olarak bilinmemekle birlikte, milattan sonra 6. yüzyılda inşa edildiğine inanılmaktadır. Su kuyusunun başlangıçta baptisterium yani vaftizhane olarak kullanıldığı, 20. yüzyılın başlarında ayazmaya dönüştürüldüğü bilinmektedir. İznik’in Bizans İmparatorluğu’na başkentlik yaptığı dönemlerde, Böcek Ayazması’nın çok önemli kutsamalara ve vaftizlere ev sahipliği yaptığı şüphe götürmez bir gerçektir.

Ayazma olarak kullanıldığı dönemde yapının ortasına yaklaşık 1 metre derinlikte ve genişlikte su haznesi eklenmiştir. Bu haznenin etrafını çevreleyen taşlardan birinin bir yüzünde Eski Ahit kaynaklı bir ifade ve Yahudilikte kullanılan yedi kollu şamdan bulunması, bu mekanın belki de bir mikveh yani ibadet öncesi Yahudilerin arınma amacıyla girdikleri su haznesi olduğu fikrini akla getirmektedir. Yedikollu şamdan figürünün altında Yunanca bir yazıt bulunmaktadır. Yazıtta Eski Ahit’ten bir bölüm zikredilmiştir: “O, herkese iyi olanı verir, Onun lütfu ebedidir.”

Ayazma, şifalı olduğuna inanılıp kutsallık atfedilmiş su kaynağı ve üzerine inşa edilen yapıdır. Özellikle Anadolu’daki Ortodoks Rumlar, çeşitli yerlerdeki su kaynaklarına bir aziz veya azizenin adını vermişlerdir ve bu suların, onun manevi gücü sayesinde insanlara şifa sağladıklarına inanılmıştır. Rivayete göre havuzdaki su hiçbir zaman taşmıyor, aynı zamanda hiçbir zaman kirlenmiyordu. 4 mevsim boyunca havuzdaki su aynı seviyede tertemiz ve berrak bir şekilde duruyordu.

1745 yılında yayınlanan kitabında buradan bahseden Pococke, burasının bir yer altı kilisesi olduğunu ve Ermeniler tarafından ibadet edildiğini bildirmiştir. Bu durumun sonraki dönemlerde de devam ettiği, 1870’lerde ayazmada sadece kutsal suyun bulunmadığı, aynı zamanda Hristiyan cemaat tarafından ibadet amaçlı kullanımının da devam ettiği bilinmektedir.