Koimesis Kilisesi, İznik’te bulunan Bizans dönemine ait önemli bir tarihi ve mimari yapıdır. Kilise, 1922 yılında gerçekleştirilen İstiklal Savaşı harekâtı sırasında tahrip edilmiştir. 1955 yılında yapılan kazı çalışmalarından sonra ortaya çıkan kalıntılar günümüzde koruma altına alınmıştır. Koimesis Kilisesi’nin inşa tarihi konusunda farklı görüşler bulunmaktadır; bazı araştırmacılara göre 9. yüzyıl başlarına tarihlenmektedir, ancak genel görüş 787’den önce inşa edildiği yönündedir. Kilise, Hyakinthos’un kurduğu manastır ile ilişkilidir ve bu manastır Abbot Hyankintos tarafından kurulmuştur.

Kilisenin Bizans tarihindeki önemi büyüktür. Antik kaynaklara göre, 13. yüzyılda İznik’te büyük önem kazanmış ve I. Theodoros Laskaris’in ölümünden sonra buraya gömülmüştür. Ayrıca, Bizans imparatorluk ailesinden bazı üyeler de burada defnedilmiştir. Hristiyanlığın yasak olduğu dönemde eziyet edilerek öldürülen Aziz Neophytos’un mezarı, Koimesis Kilisesine taşınmıştır. Kilise ayrıca Konstantinopolis’ten (günümüzdeki adıyla İstanbul) sürgün edilen patriğin burada ikamet etmesiyle dikkat çekmiştir.

Koimesis Kilisesi, Bizans sanatının en iyi örneklerinden biri olan mozaikleriyle ünlüdür. Mozaikler, dini sahneleri ve figürleri tasvir eder; Meryem Ana ve çocuk İsa, çeşitli melekler ve diğer dini ikonografiler bu tasvirler arasında yer alır. Mozaikler, kilisenin apsisinin yarım kubbesinde, bema (Erken Hıristiyan ve Bizans kiliselerinde din adamlarının bulunduğu, halkın giremediği kutsal bölüm) ve narteks gibi farklı bölümlerinde yer alır. Narteksindeki mozaik yazıtta şu ifadeler yer alır: “Ulu ve güçlü hükümdar Constantinos özen gösterdiği şu manastıra onur verdi ve yetkiyi, ünlü patrik Nikephoros’a kesin bir kararla bağışladı.” Bu yazıtın yanında Meryem Ana’nın mozaik yazıtında: “Seni efendim-Meryem Ana-, yaptığım ve yapmayı tasarladığım eserlerin ana nedeni olarak görüyorum. Bu evin sahibesi ve efendisi olarak-resmini-, ey bakire, -buraya- ben, Nikephoros, işledim” yazılıdır. Katholikon’una giriş kapısı üzerindeki yarım çember şeklindeki mozaik yazıtında ise: “Ey efendi, kulun başmabeyinci ve başkumandan Patrik Nikephoros’a yardım et” yazılıdır. Absisteki mozaikte “Senin evine, ey efendi, her zaman kudsiyet yakışır” yazılıdır. Absisteki yarım kubbede ayakta duran Meryem Ana’nın kucağında çocuk İsa’nın tasvir edildiği mozaikte, “Şafak sökerken ana rahminden seni ben yarattım” yazılıdır. Ayrıca Berna’nın iki yan duvarında ikişer melek figürü, ellerinde labarum taşırken, alt kısımlarında “Gökler onunla kıvansın ve tüm melekler önünde huşu ile eğilsin” yazılıdır.

Mozaiklerin ikonoklasma döneminde tahribe uğradığı, 843 yılında Naukratios tarafından yenilendiği belirtilmektedir. 1065 depreminde yıkılan narteks yeniden inşa edilmiş ve yenilenen mozaikte imparator 10. Constantinos ile birlikte Nikephoros’un tasviri yapılmıştır. Nartekse bir kat ve yan mekanlar eklenmiştir. Kilise kubbesinin 18. yüzyılda çöktüğü, 1807 yılında Dinael tarafından yeniden inşa edildiği, 1833-1834 yıllarında geniş çaplı bir onarıma tabi tutulduğu, fresklerin yapıldığı, nartekslerin restore edildiği ve çan kulesinin eklendiği bilinmektedir. Kilisenin ana yapısının tuğla ile örüldüğü kalan izlerden anlaşılmaktadır.

Osmanlı döneminde, 1920’de Yunan işgal birliklerinin eline geçen İznik, birkaç kez el değiştirmiş ve ayakta kalan bazı yapılar hasar görmüştür. Eşrefzade Cami, Türbesi ve Koimesis Kilisesi havaya uçurulmuştur. Yunanlılar Anadolu’dan atıldıktan sonra İznik’in tamamen boşaldığı ve harabelerden ibaret olduğu, 1950’li yıllardan sonra yeniden hayat kazandığı gözlemlenmiştir. Bugün, Koimesis Kilisesi’nin kalıntıları İznik’in tarihi ve kültürel mirasının önemli bir parçası olarak korunmaktadır.