Kentin doğusunda Müze Sokak ile Türbe Sokağın kesiştiği köşede olup, Yeşil Cami’nin batısında, İslami Eserler Müzesi’nin güneybatısındadır. Kitabesinin belirlenememiş olmasından dolayı inşa tarihi bilinmemektedir. Yaptıranı ve yapanı hakkında da yorumlara dayalı görüşler bulunmaktadır. Fatih Sultan Mehmed’in veziri Halil Paşaoğlu ile II. Bayezid’e 1486-1498 yılları arasında vezirlik yapan Çandarlı Sülâlesinden İbrahim Paşa’nın camiyi yaptırdığı tezi ağırlık kazanmaktadır. Bir başka görüşe göre cami ve türbe Çandarlı İbrahim Paşanın oğlu Halil Paşa tarafından 1453 yılından önce inşa ettirilmiştir. Başlangıçta Şeyh Kutbeddin-i İznik-i’nin oğlu Mehmed Muyhiddin’in mezarının bulunduğu türbenin 1418 yılından sonra inşa edildiği, caminin ise daha sonra yaptırıldığı ve bu isimle anıldığı anlaşılmaktadır.

Kenar uzunluğu 8,5 m olan kare planlı caminin günümüze sadece yıkıntısı ulaşmıştır. Batı ve doğu duvarları kısmen belirgin olmakla birlikte, kuzey ve güney duvar izleri 1993 yılında gerçekleştirilen kurtarma kazıları sonrasında açığa çıkarılmıştır. Başlangıçta kubbe ile örtülü iken bunun yıkılması sonucu düz çatı ile örtülü olarak hizmet verdiği anlaşılmaktadır. Antik yapılardan alınan 5. yüzyıl özelliği taşıyan üç sütun ve korint tipli sütun başlıklarıyla bunları birbirine bağlayan tuğla örülü sivri kemerli son cemaat yerine ait izler görülmektedir. Başlıklardan biri göl kenarında, diğeri müzededir.

Şeyh Kutbeddin Türbesi, caminin kuzeybatısında yer almaktadır. Kitabesinin bulunmaması nedeniyle inşa tarihi, yapanı ve yaptıranı kesin olarak belirlenememiştir. Türbedeki iki yatırdan biri Şeyh Kutbeddin-i İznik-i’nin oğlu Mehmed Muhyiddin’in sandukasıdır. Bugün bulunamayan mezar taşında, ölüm tarihinin 1480 olarak okunduğu kaynaklarda yer almaktadır. Türbenin, bitişiğindeki camiden daha önce Çandarlı Hayreddin Paşa’nın oğlu İbrahim Paşa tarafından 1418 yılından sonra inşa edilmiştir. 1993 yılı kazı çalışmaları, türbenin güney ve batısındaki hazire bölümünde birçok önemli mezarın açığa çıkmasını sağlamıştır.

Şeyh Kutbeddin, “Kutbuddin İznik-i” adıyla şöhret bulmuştur. Hanefi mezhebi fıkıh alimi ve tasavvuf büyüklerindendir. Sultan Yıldırım Bayezid devri alimi ve evliyanın büyüklerindendir. Şakayıkı Numaniye ve Aşıkpaşazade tarihlerinin kaydına göre doğum yeri İznik’tir. Zamanının birçok âliminden ders almıştır. Dini ilimleri ve zamanının fen bilgilerini Mevlânâ Hasen Paşa’dan öğrenmiştir. Her ilimde, özellikle dini ilimlerde kendisini tam olarak yetiştiren ve tanıtan Kutbuddin-i İznik-i, Hanefi fıkhına ait derin ve geniş bilgisi sayesinde, bu mezhebin önemli fıkıh temsilcilerinden biri sayılmıştır. Ahlâken yüksek, faziletlerle mücehhez, zühd ve vera’ sahibi idi. Tasavvuftan büyük haz ve pay almıştır. Evliyâlığın yüksek derecelerine kavuşmuştur. Fıkıh ve ahlâk ilimlerini kendinde toplamıştır. Bilhassa Timur Hân, din ilimlerindeki yüksekliği sebebiyle karşılaştığında ona çok saygı göstermiştir. İznik’te Arapça eser yazabilecek kadar bu dili bilmesine rağmen eserini halkın daha iyi anlayabilmesi için Türkçe olarak yazmıştır. İznikli bir müslümanın dinini tam olarak yaşayabilmesi için dini esasların Türklere kendi dilleriyle öğretilmesi gerektiğini düşünmüştür. İznik’te 1418 senesi Zilhicce ayının sekizinci günü vefat etmiştir.